三千院にとって、最も大切な法要儀式となる「御懺法講（おせんぼうこう）」では、知らず知らずのうちにつくった自らの諸悪の行いを懺悔して、お互いの心の中にある「むさぼり、怒り、愚痴」の三毒を取り除き、自分の心をさらに静め清らかにする「懺法」が行われます。三千院では約850年前の保元2年（1157年）に、後白河天皇が宮中の仁寿殿において、宮中御懺法講として行ったことがはじまりとされます。この法要は「声明懺法」ともいい、声明（仏教音楽、お経に全て節が付けられている）と雅楽が融合し、約2時間にわたって宮中法会が再現されます。